Một cô gái trẻ với một nỗi ám ảnh lớn với nam giới. Vì sự sợ hãi này, cô quyết định nhập học tại Học viện Ame no Kisaki, một ngôi trường nữ duy nhất. Tuy nhiên, Kanako không may mắn khi cô phát hiện ra rằng ngôi trường này không chỉ có nữ sinh, mà còn có một số học sinh nam giả dạng nữ. Trong quá trình học tập, Kanako gặp phải Maria Shidou, một cô gái xinh đẹp và thông minh, nhưng cô lại có một bí mật đen tối. Bộ phim Maria Holic mang đến cho khán giả những tình huống hài hước và những màn đấu trí đầy thú vị giữa Kanako và Maria.
